Lokalna gmina (wspólnota, zbór, zgromadzenie, społeczność) baptystyczna jest zarządzana w miłości przez Radę Zboru, która składa się z doświadczonych braci oraz pastora / pastorów. Członkowie Rady Zboru są „wybierani” przez walne zebranie członków Społeczności co 3 lata.
Wybór każdego z Radnych powinien być praktycznie jednomyślny. Członkowie Rady mają być przez Zgromadzenie rozpoznani jako nienaganni, pobożni i pełni Ducha Świętego. Powinni oni aspirować do spełniania wymagań dla starszych (prezbiterów / biskupów), wyszczególnionych w Nowym Testamencie w Tyt. 1:6-9 oraz 1 Tm 3:1-10.
Pastor, koordynujący pracę duszpasterską i nauczanie, jest powoływany i odwoływany przez walne zebranie członków Zboru na wniosek Rady.
Funkcjonuje również bardziej formalne potwierdzenie, że osoba ma kwalifikacje starszego (biskupa / prezbitera) nazywane „Ordynacją na urząd Prezbitera”.
W kościele funkcjonują też Diakoni – zaufane i sprawdzone osoby (zarówno kobiety jak mężczyźni) wyznaczone do kierowania pewnym zakresem służby.
Organizacyjnie, kościoły baptystyczne składają się z lokalnych gmin, które dobrowolnie łączą się w Unie.
W Polsce, największą Unią Baptystyczną jest Kościół Chrześcijan Baptystów w RP, następną co do wielkości jest Biblijny Kościół Baptystyczny. Istnieją też niezależne, niezrzeszone wspólnoty baptystyczne.
Unii przewodniczy Rada Kościoła wybierana co 4 lata przez zgromadzenie delegatów z poszczególnych wspólnot.
